O Departamento de Microbiologia atua em diferentes áreas do conhecimento, tendo como base o estudo os microrganismos. Isto estabelece uma atividade com bastante diversidade entre os diferentes grupos de trabalho, incluindo projetos de pesquisa básica e de interesse aplicado. O Departamento julga o trabalho de pesquisa como essencial para a qualidade das atividades didáticas e de extensão, além de possibilitar a formação de recursos humanos altamente qualificados nas diferentes áreas da Microbiologia. A qualidade do trabalho científico reflete diretamente na atualização dos docentes e na capacidade criativa dos mesmos, permitindo desta forma que se realize o conceito pleno de Universidade. A infraestrutura do departamento é de alta qualidade o que garante uma pesquisa de primeira linha, altamente competitiva.
A Comissão de Pesquisa incentiva a formação de jovens pesquisadores através do Programa de Fomento a Iniciação Científica da Pro-Reitoria de Pesquisa – Programa PIBIC, que financia com bolsas estudantes de graduação que fazem estágios nos laboratórios de pesquisa.