O Departamento de Microbiologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP esta localizado no prédio do Edifício Biomédicas II e é constituído por 30 laboratórios de pesquisa, o setor administrativo, o setor de apoio técnico , didático, um biotério para manutenção de animais em experimentação,  salas de equipamentos multiusuários e sala de produtos químicos.

Anexo ao prédio existe ainda uma área para apoio didático com 2 anfiteatros e 4 laboratórios além de uma sala de informática e de apoio para as aulas práticas.