O Departamento de Microbiologia tem vocação acadêmica, o que significa oferecer cursos de Graduação e Pós-graduação de excelente qualidade, além de realizar pesquisas científicas de fronteira e impacto internacional na área de Microbiologia. Isso permite a formação de novos mestres e doutores que tem atuação de destaque em Microbiologia em várias instituições do país e do exterior.
A Pós-graduação em Microbiologia atualmente é considerado Programa Excelência tendo atingido em 2010, Nível 6 da CAPES.
Na área de pesquisa, representa hoje uma liderança nacional em pesquisa microbiológica. O crescente número de publicações e o concomitante aumento no impacto das revistas em que são publicados os trabalhos evidenciam o aumento da inserção internacional do Departamento. A política científica do Departamento de Microbiologia se calcou nos últimos anos pela definição de critérios rigorosos para contratação de novos docentes, de forma a permitir a seleção de profissionais que demonstrassem grande aptidão para a pesquisa científica e autonomia necessária a implantação de laboratórios, assim como, a obtenção de verbas para pesquisa em órgãos de fomento internos e externos. Os resultados dessa política científica voltada para a contratação de novos docentes refletiram-se não apenas na qualidade dos cursos oferecidos pelo quadro docente, mas proporcionou claro impacto sobre o desempenho científico do Departamento nos últimos dez anos. As atividades de Extensão universitária em nosso Departamento são mais amplas que a maioria dos congêneres nacionais e internacionais pela diversidade de áreas de atuação. Quase todas as áreas da Microbiologia encontram especialistas no Departamento, que são consultados em busca de informações e pareceres divulgados na mídia e através de assessoria a instituições públicas e privadas, e atendimento às necessidades da comunidade.